Photoshopで不要なレイヤーやグループを一括削除します。削除したいレイヤーやグループはレイヤーパネルで非表示にします。

メニューのレイヤー→削除→非表示レイヤー

なお、レイヤーパネルからも同様の操作ができます。

レイヤーパネル右上をクリック→非表示レイヤーを削除

グループを非表示にしている場合は、グループのディレクトリと中身のレイヤーが丸ごと削除されます。