SourceTreeのNew tabで「Local」を選択するとローカルリポジトリの一覧が表示されます。一覧から削除したいリポジトリを選択します。

削除したいリポジトリを右クリックし、削除をクリックすると確認メッセージが表示されます。

「ハードディスク上のリポジトリを削除」をクリックすると、ローカルリポジトリがディレクトリごとゴミ箱へ移動し、SourceTreeのローカルリポジトリの一覧からも削除されます。「ブックマークを削除」をクリックすると、ゴミ箱へは移動せず、一覧からのみ削除されます。

なお、ローカルリポジトリをゴミ箱から復元した場合、SourceTreeのNew tabで「Add」を選択し復元したローカルリポジトリを指定して追加すれば再度使用することができます。

次に、ローカルリポジトリをSourceTree上から削除するのではなく、直接ディレクトリごと削除してみます。するとSourceTreeのローカルリポジトリの一覧では「リポジトリが移動または削除」と表示されます。

このローカルリポジトリをダブルクリックすると確認メッセージが表示され、「ブックマークを削除」をクリックするとSourceTreeのローカルリポジトリの一覧から削除できます。