GitHubにサインインし、左ナビから削除したいリポジトリをクリックします。

リポジトリの画面で、上部メニューの「Code」が選択されているので、一番右の「Settings」を開きます。

ページ下部の「Danger Zone」から「Delete this repository」のボタンをクリックします。

確認メッセージが表示されるので、「GitHubのアカウント名/リポジトリ名」を入力して「I understand the consequences, delete this repository」のボタンをクリックします。

GitHubトップページに戻ります。左ナビから該当のリポジトリが削除されています。